دولت درلايحه برنامه پنجم توسعه اقتصادى اجتماعى وفرهنگى کشور بخش مهمى از برنامه را به مباحث اقتصادى اختصاص داده است.براساس اين گزارش درماده 109 برنامه مذکور به موضوع مناطق ازاد پرداخته است.به منظور ساماندهى و ايفاى نقش موثر مناطق آزاد و ويژه اقتصادى در تحقق اهداف سند چشم‌انداز 20 ساله نظام، اعمال مديريت يکپارچه و ايجاد رشد اقتصادى مناسب در اين مناطق، هم‌پيوندى و تعامل اثرگذار و الهام بخش اقتصاد ملى با اقتصاد جهانى و ارائه الگوى توسعه ملى در بخش‌هاى مختلف:
الف- مدير سازمان‌هاى مناطق آزاد به نمايندگى از طرف دولت، بالاترين مقام منطقه و قائم مقام شوراى شهر و روستا محسوب شده و کليه وظايف، اختيارات و مسووليت‌هاى دستگاه‌هاى اجرايى و شوراهاى مذکور مستقر در اين مناطق به عهده وى مى‌باشد.
ب- کالاهاى توليد يا پردازش شده در مناطق آزاد و ويژه اقتصادى به هنگام ورود به ساير نقاط کشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اوليه و قطعات داخلى به کار رفته در آن، اضافه توليد داخلى محسوب و از پرداخت حقوق ورودى معاف خواهد بود.
تبصره 1 - مواد اوليه و کالاهاى واسطه‌اى خارجى به‌کار رفته در توليد مشروط به‌پرداخت حقوق ورودى در حکم مواد اوليه و کالاى داخلى محسوب مى‌شود.
تبصره 2- مواد اوليه و قطعات خارجى به کار رفته در کالاهاى توليد يا پردازش شده در مناطق آزاد و ويژه اقتصادى که قبلا از ساير نقاط کشور به منطقه ارسال شده و در توليد يا پردازش محصول به کار گرفته شود، در حکم مواد اوليه تلقى شده و از پرداخت حقوق ورودى معاف مى‌باشد.
ج- هزينه‌هاى بندرى و حقوق و عوارض مربوط که طبق قوانين جارى از کشتى‌ها و شناور‌ها بابت خدمات بندرى دريافت مى‌شود در صورتى که اين بنادر توسط بخش خصوصى، تعاونى و مناطق آزاد تجارى ـ صنعتى در محدوده منطقه آزاد ايجاد شده باشند، توسط سازمان‌هاى مناطق آزاد مربوطه اخذ مى‌گردد. همچنين مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخيص کشتى‌ها طبق قوانين جارى و بين‌المللى اقدام نمايند.
د - مبادلات کالا بين مناطق آزاد و خارج از کشور و نيز ساير مناطق آزاد از کليه عوارض [به استثناى عوارض موضوع ماده (10) «قانون چگونگى اداره مناطق آزاد تجارى ـ صنعتى جمهورى اسلامى ايران مصوب7/6/1372»]، ماليات و حقوق ورودى معاف مى‌باشند.
هـ - به منظور گسترش ارتباطات علمى با مراکز و نهادهاى آموزشى و تحقيقاتى معتبر بين‌المللى، ايجاد نمايندگى دانشگاه‌هاى داخلى و معتبر خارجى و تاسيس دانشگاه‌هاى خصوصى در مناطق آزاد تجارى ـ صنعتى و ويژه اقتصادى با رعايت قوانين مربوط مجاز مى‌باشد.
و- از ابتداى برنامه پنجم، کل جزيره قشم (به جز نقاط نظامى) در قلمرو منطقه آزاد قرار مى‌گيرد.
ز- ايجاد مناطق آزاد تجارى - صنعتى و ويژه اقتصادى و تعيين محدوده خاکى و آبى (با رعايت ملاحظات امنيتى دفاعى) به تصويب هيات‌وزيران مى‌رسد و محدوده آبى نيز از امتيازات قانون چگونگى اداره مناطق آزاد تجارى ـ صنعتى ايران مصوب 7 /6 /1372 و اصلاحات بعدى آن، برخوردار خواهد بود